文章开头在点明韩愈以潮州刺史身分派遣下属致祭之后，第一段先回顾漫长的历史，拿先王和后王对比，以阐明鳄鱼得以长期肆虐的原因。古代的圣王统治天下，放火焚烧山野草泽，用绳网利刃来消除“虫蛇恶物为民害者”；但是后王德薄，不能统治远方，连江汉之间都放弃了，何况潮州处在五岭和南海之间，距离京师有万里之遥的地方。所以鳄鱼在这里潜伏、繁殖，自然也就是它活动的场所了。先王能为民除害，后王则不能。驱逐鳄鱼，追根穷源，先归咎于后王，这是很有胆识的。对安史之乱以来的唐王朝，韩愈虽不敢直斥，但寓意讽谏，确有空谷传音之妙。再从行文上来看，这是故意放宽一步，为下文蓄势，将合先开，欲擒故纵，这是古文家常用的笔法。
第二段陡然折笔回锋，展开堂堂之阵：以今非昔比晓喻之，以大唐天子、刺史、县令、天地、宗庙、百神震慑之。这就使鳄鱼完全丧失了得以肆虐的依据。“况禹迹所揖”以下，语意更进一步，字字跃动，蝉联如贯珠，显得雄辩有力。直到推出“鳄鱼其不可与刺史杂处此土也”，才揭出一篇之纲。譬如登泰山，攀“紧十八盘”，南天门始赫然在目，以前的“阶崇万级”，均为此铺垫。如果说在这以前是从天子的角度上昭告鳄鱼的话，那么在这以下就是从刺史的职责上阐发议论了：“刺史受天子命，守此土，治此民”，鳄鱼岂敢与刺史抗拒。刺史是受天子之命而来，抗拒刺史就是抗拒天子。对鳄鱼而言，抗拒刺史，将会带来什么严重后果，这是不言而喻的；就刺史而言，为民除害，是其职责。退一步说，即使刺史弩弱，也不肯屈服于鳄鱼，矫矫者岂能听之任之。故“其势不得不与鳄鱼辨”。反复晓喻，这就不是“不教而诛”了。值得一提的是，在这段文字里，韩愈顺便给那些在恶势力面前吓得魂不附体的人给予有力的讽刺，意在言外，耐人寻味。
在待之以礼、晓之以理之后，接踵而来的就是凌之以威、绳之以法了。第三段以“鳄鱼有知，其听刺史言”开头，正式堂而皇之地宣布了驱逐鳄鱼的命令。为鳄鱼指出去路，限定了时间，限期也是宽之又宽，做到仁至义尽。但是，如果七日内不能迁徙，文笔又陡起层叠而下：“夫傲天子之命吏，不听其言，不徙以避之，与冥顽不灵而为民物害者，皆可杀。”这段判决文字写得极为严正，十分果决、犀利。最后落到“杀”字上，使正义之力大大变强。更有甚者，不仅要杀，而且要斩尽杀绝。诛杀的方法，也写得明明白白，以示有绝对的把握。那些“为民物害者”，对此必会心惊胆战。结尾“其无悔”只有三字，戛然而止，尤见峭劲。韩愈有言“气盛则言之短长与声之高下者皆宜。”（《答李翊书》）从他这篇文章来看，确实表现了这一特点。
鳄鱼“冥顽不灵，刺史虽有言，不闻不知也”。这在韩愈的文章中是说得一清二楚的。既然鳄鱼无知，韩愈的写作目的有何，“好游戏”（清·李光地《榕村语录·卷五》）的韩愈，无非是在借题发挥而已。在指责鳄鱼的背后，有比鳄鱼更为凶残的丑类在。安史之乱以来那些拥兵割据的藩镇大帅，鱼肉百姓的贪官污吏，更为祸国殃民。所以这篇貌似“游戏文字”的文章，显然寓有鲜明的主题，它因小见大；发人深思，有着严峻的现实意义。
